MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 plasmid pNHAL01

Total Repeats: 1023

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013958	T	6	6	181	186	0 %	100 %	0 %	0 %	291615454
2	NC_013958	G	6	6	259	264	0 %	0 %	100 %	0 %	291615454
3	NC_013958	GAT	2	6	313	318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615454
4	NC_013958	GGC	2	6	388	393	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615454
5	NC_013958	GCG	2	6	415	420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615454
6	NC_013958	TGC	2	6	471	476	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615454
7	NC_013958	ACA	2	6	495	500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615454
8	NC_013958	AATC	2	8	637	644	50 %	25 %	0 %	25 %	291615454
9	NC_013958	TGA	2	6	726	731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615454
10	NC_013958	TCA	2	6	791	796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615454
11	NC_013958	CCG	2	6	834	839	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615454
12	NC_013958	TCT	2	6	854	859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615454
13	NC_013958	T	6	6	912	917	0 %	100 %	0 %	0 %	291615454
14	NC_013958	GCG	2	6	958	963	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615454
15	NC_013958	TGC	2	6	1043	1048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615454
16	NC_013958	CTT	2	6	1275	1280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615454
17	NC_013958	A	7	7	1329	1335	100 %	0 %	0 %	0 %	291615454
18	NC_013958	CCGG	2	8	1345	1352	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
19	NC_013958	GAA	2	6	1429	1434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291615454
20	NC_013958	TCAA	2	8	1529	1536	50 %	25 %	0 %	25 %	291615454
21	NC_013958	CGC	2	6	1677	1682	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615454
22	NC_013958	TTGA	2	8	1738	1745	25 %	50 %	25 %	0 %	291615454
23	NC_013958	GCG	2	6	1763	1768	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615454
24	NC_013958	AAG	2	6	1808	1813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291615454
25	NC_013958	TCT	2	6	1835	1840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615454
26	NC_013958	CCGG	2	8	1896	1903	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
27	NC_013958	GGC	2	6	1904	1909	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615454
28	NC_013958	TCA	2	6	1919	1924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615454
29	NC_013958	GTTCA	2	10	1936	1945	20 %	40 %	20 %	20 %	291615454
30	NC_013958	GAT	2	6	2101	2106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615454
31	NC_013958	TTG	2	6	2149	2154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615454
32	NC_013958	TCA	2	6	2172	2177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615454
33	NC_013958	CTTC	2	8	2217	2224	0 %	50 %	0 %	50 %	291615454
34	NC_013958	GCA	2	6	2264	2269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615454
35	NC_013958	TGCCGG	2	12	2382	2393	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	291615454
36	NC_013958	CAA	2	6	2404	2409	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615454
37	NC_013958	CGG	2	6	2450	2455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615454
38	NC_013958	CTT	2	6	2460	2465	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615454
39	NC_013958	TAG	2	6	2471	2476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615454
40	NC_013958	CGA	2	6	2531	2536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615454
41	NC_013958	TGG	2	6	2562	2567	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615454
42	NC_013958	CAT	2	6	2707	2712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615454
43	NC_013958	CCCCT	2	10	2792	2801	0 %	20 %	0 %	80 %	291615454
44	NC_013958	CCGG	2	8	2846	2853	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
45	NC_013958	GCA	3	9	2871	2879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615454
46	NC_013958	TTC	2	6	2914	2919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615454
47	NC_013958	TCT	2	6	2993	2998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615454
48	NC_013958	GCT	2	6	3015	3020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615454
49	NC_013958	CCT	2	6	3096	3101	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615454
50	NC_013958	CCT	2	6	3105	3110	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615454
51	NC_013958	G	6	6	3142	3147	0 %	0 %	100 %	0 %	291615454
52	NC_013958	G	6	6	3156	3161	0 %	0 %	100 %	0 %	291615454
53	NC_013958	TGGG	2	8	3167	3174	0 %	25 %	75 %	0 %	291615454
54	NC_013958	CCAG	2	8	3189	3196	25 %	0 %	25 %	50 %	291615454
55	NC_013958	CAG	2	6	3199	3204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615454
56	NC_013958	CCA	2	6	3321	3326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615454
57	NC_013958	CGG	3	9	3570	3578	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615455
58	NC_013958	CTT	2	6	3579	3584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615455
59	NC_013958	CGG	2	6	3597	3602	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615455
60	NC_013958	G	6	6	3606	3611	0 %	0 %	100 %	0 %	291615455
61	NC_013958	CGC	2	6	3618	3623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615455
62	NC_013958	GGTG	2	8	3633	3640	0 %	25 %	75 %	0 %	291615455
63	NC_013958	GGA	2	6	3643	3648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291615455
64	NC_013958	TGA	2	6	3687	3692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615455
65	NC_013958	TC	3	6	3697	3702	0 %	50 %	0 %	50 %	291615455
66	NC_013958	CGG	2	6	3745	3750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615455
67	NC_013958	CCAT	2	8	3791	3798	25 %	25 %	0 %	50 %	291615455
68	NC_013958	CTT	2	6	3818	3823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615455
69	NC_013958	TCG	2	6	3855	3860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615455
70	NC_013958	TAC	2	6	3969	3974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615455
71	NC_013958	TTC	2	6	4024	4029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615455
72	NC_013958	T	8	8	4033	4040	0 %	100 %	0 %	0 %	291615455
73	NC_013958	TCT	2	6	4169	4174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615455
74	NC_013958	TCA	2	6	4193	4198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615455
75	NC_013958	CACCC	2	10	4209	4218	20 %	0 %	0 %	80 %	291615455
76	NC_013958	A	6	6	4268	4273	100 %	0 %	0 %	0 %	291615455
77	NC_013958	GCG	2	6	4306	4311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615455
78	NC_013958	GGC	2	6	4336	4341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615455
79	NC_013958	GGC	2	6	4344	4349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615455
80	NC_013958	GTT	2	6	4350	4355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615455
81	NC_013958	TTG	2	6	4400	4405	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615455
82	NC_013958	GTC	2	6	4418	4423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615455
83	NC_013958	AG	3	6	4511	4516	50 %	0 %	50 %	0 %	291615455
84	NC_013958	TTG	2	6	4522	4527	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	291615455
85	NC_013958	CAG	2	6	4580	4585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615455
86	NC_013958	AGC	2	6	4607	4612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615455
87	NC_013958	ATC	2	6	4666	4671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615455
88	NC_013958	CCA	2	6	4817	4822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615456
89	NC_013958	CTG	2	6	4845	4850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615456
90	NC_013958	GA	3	6	4945	4950	50 %	0 %	50 %	0 %	291615456
91	NC_013958	A	6	6	4986	4991	100 %	0 %	0 %	0 %	291615456
92	NC_013958	CGGT	2	8	5005	5012	0 %	25 %	50 %	25 %	291615456
93	NC_013958	CTT	2	6	5016	5021	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615456
94	NC_013958	CTT	2	6	5031	5036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615456
95	NC_013958	AAC	2	6	5353	5358	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615456
96	NC_013958	G	6	6	5445	5450	0 %	0 %	100 %	0 %	291615456
97	NC_013958	GCA	2	6	5570	5575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615456
98	NC_013958	GCG	2	6	5632	5637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615456
99	NC_013958	CCA	2	6	5684	5689	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615456
100	NC_013958	CCA	2	6	5744	5749	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615456
101	NC_013958	CCA	2	6	5753	5758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615456
102	NC_013958	TGA	2	6	5765	5770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615456
103	NC_013958	CCG	2	6	5804	5809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615456
104	NC_013958	CAC	2	6	5889	5894	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615456
105	NC_013958	TGA	2	6	5984	5989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615456
106	NC_013958	GCT	2	6	6065	6070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615456
107	NC_013958	GCC	2	6	6210	6215	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615456
108	NC_013958	AT	3	6	6644	6649	50 %	50 %	0 %	0 %	291615457
109	NC_013958	AGG	2	6	6835	6840	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291615457
110	NC_013958	GGC	3	9	6864	6872	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615457
111	NC_013958	CAG	2	6	6885	6890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615457
112	NC_013958	CAA	2	6	6930	6935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615457
113	NC_013958	CAG	2	6	6939	6944	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615457
114	NC_013958	TGC	2	6	7090	7095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615458
115	NC_013958	CGGT	2	8	7114	7121	0 %	25 %	50 %	25 %	291615458
116	NC_013958	CGG	2	6	7135	7140	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615458
117	NC_013958	CGG	2	6	7519	7524	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615459
118	NC_013958	GCA	2	6	7623	7628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615459
119	NC_013958	GAT	2	6	7650	7655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615459
120	NC_013958	ATAA	2	8	7710	7717	75 %	25 %	0 %	0 %	291615459
121	NC_013958	TGC	2	6	7724	7729	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615459
122	NC_013958	GACC	2	8	7760	7767	25 %	0 %	25 %	50 %	291615459
123	NC_013958	ACC	2	6	7790	7795	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615459
124	NC_013958	ATG	2	6	7843	7848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615459
125	NC_013958	TGC	2	6	8048	8053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615459
126	NC_013958	GGC	2	6	8101	8106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615459
127	NC_013958	CAA	2	6	8107	8112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615459
128	NC_013958	TCA	2	6	8118	8123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615459
129	NC_013958	TGC	2	6	8139	8144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615459
130	NC_013958	CAC	2	6	8179	8184	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615459
131	NC_013958	AAAT	2	8	8203	8210	75 %	25 %	0 %	0 %	291615459
132	NC_013958	C	7	7	8257	8263	0 %	0 %	0 %	100 %	291615459
133	NC_013958	AGG	2	6	8297	8302	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291615459
134	NC_013958	G	6	6	8301	8306	0 %	0 %	100 %	0 %	291615459
135	NC_013958	CGC	2	6	8455	8460	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615459
136	NC_013958	GCCGC	2	10	8501	8510	0 %	0 %	40 %	60 %	291615459
137	NC_013958	AG	3	6	8661	8666	50 %	0 %	50 %	0 %	291615460
138	NC_013958	CGG	2	6	8668	8673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615460
139	NC_013958	TC	3	6	8695	8700	0 %	50 %	0 %	50 %	291615460
140	NC_013958	GCCGGC	2	12	8729	8740	0 %	0 %	50 %	50 %	291615460
141	NC_013958	TGAG	2	8	8802	8809	25 %	25 %	50 %	0 %	291615460
142	NC_013958	TCT	2	6	8979	8984	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	291615461
143	NC_013958	ACT	2	6	8993	8998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615461
144	NC_013958	CAAAGC	2	12	9057	9068	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	291615461
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147	NC_013958	CGG	2	6	9238	9243	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615462
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149	NC_013958	TCA	2	6	9328	9333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615462
150	NC_013958	CCA	2	6	9397	9402	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615462
151	NC_013958	TCA	2	6	9432	9437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615462
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153	NC_013958	CAC	2	6	9467	9472	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615462
154	NC_013958	CCG	2	6	9541	9546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615462
155	NC_013958	CCA	2	6	9590	9595	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615462
156	NC_013958	TGA	2	6	9634	9639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615462
157	NC_013958	GCCA	2	8	9660	9667	25 %	0 %	25 %	50 %	291615462
158	NC_013958	CTG	2	6	9674	9679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615462
159	NC_013958	CGG	2	6	9824	9829	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615462
160	NC_013958	TCA	2	6	9834	9839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615462
161	NC_013958	TGG	2	6	9927	9932	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615462
162	NC_013958	CAC	2	6	9944	9949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615462
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169	NC_013958	TGA	2	6	10265	10270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615463
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173	NC_013958	TGG	2	6	10622	10627	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	291615463
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179	NC_013958	ATG	2	6	10865	10870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615464
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229	NC_013958	CAC	2	6	14619	14624	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	291615471
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233	NC_013958	GGAA	2	8	14741	14748	50 %	0 %	50 %	0 %	291615471
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237	NC_013958	GCA	2	6	14859	14864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615471
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246	NC_013958	GAAA	2	8	15402	15409	75 %	0 %	25 %	0 %	291615472
247	NC_013958	GTC	2	6	15439	15444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615472
248	NC_013958	CCG	2	6	15483	15488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615472
249	NC_013958	GCATC	2	10	15504	15513	20 %	20 %	20 %	40 %	291615472
250	NC_013958	GTA	2	6	15664	15669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615472
251	NC_013958	GAT	2	6	15673	15678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615472
252	NC_013958	CG	3	6	15718	15723	0 %	0 %	50 %	50 %	291615472
253	NC_013958	AGCGT	2	10	15736	15745	20 %	20 %	40 %	20 %	291615472
254	NC_013958	GCGG	2	8	15822	15829	0 %	0 %	75 %	25 %	291615472
255	NC_013958	CGG	2	6	15900	15905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615473
256	NC_013958	AG	3	6	15913	15918	50 %	0 %	50 %	0 %	291615473
257	NC_013958	GCC	3	9	16042	16050	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615473
258	NC_013958	GCTT	2	8	16057	16064	0 %	50 %	25 %	25 %	291615473
259	NC_013958	TCGG	2	8	16092	16099	0 %	25 %	50 %	25 %	291615473
260	NC_013958	TTGT	2	8	16105	16112	0 %	75 %	25 %	0 %	291615473
261	NC_013958	CAT	2	6	16171	16176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	291615474
262	NC_013958	GCG	2	6	16253	16258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615474
263	NC_013958	AAC	2	6	16851	16856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615475
264	NC_013958	GCGG	2	8	16942	16949	0 %	0 %	75 %	25 %	291615475
265	NC_013958	A	6	6	17001	17006	100 %	0 %	0 %	0 %	291615475
266	NC_013958	TGC	2	6	17008	17013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291615475
267	NC_013958	TGA	2	6	17108	17113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	291615475
268	NC_013958	CCT	2	6	17153	17158	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	291615475
269	NC_013958	GAC	2	6	17354	17359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615476
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271	NC_013958	GCA	2	6	17392	17397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615476
272	NC_013958	AAG	2	6	17559	17564	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	291615476
273	NC_013958	ACA	2	6	17733	17738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615477
274	NC_013958	ACA	2	6	17879	17884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	291615477
275	NC_013958	GGA	2	6	17949	17954	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	291615477
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280	NC_013958	CCAT	2	8	18218	18225	25 %	25 %	0 %	50 %	291615477
281	NC_013958	CGA	2	6	18249	18254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291615477
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293	NC_013958	AAT	2	6	18816	18821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	291615478
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351	NC_013958	TTCC	2	8	22373	22380	0 %	50 %	0 %	50 %	291615483
352	NC_013958	GCTC	2	8	22405	22412	0 %	25 %	25 %	50 %	291615483
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380	NC_013958	AC	3	6	23633	23638	50 %	0 %	0 %	50 %	291615485
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389	NC_013958	CGG	2	6	23879	23884	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615485
390	NC_013958	A	6	6	23889	23894	100 %	0 %	0 %	0 %	291615485
391	NC_013958	GGAGCC	2	12	23936	23947	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	291615485
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393	NC_013958	GGC	2	6	24035	24040	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615485
394	NC_013958	CGC	2	6	24050	24055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	291615485
395	NC_013958	GCG	2	6	24061	24066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291615485
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397	NC_013958	A	6	6	24110	24115	100 %	0 %	0 %	0 %	291615485
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